الشيخ خليفة بن أحمد آل خليفة حاصل على ماجستير فنون في انثروبولوجيا المتاحف من جامعة كولومبيا في الولايات المتحدة الأميركية (2015)، وعلى ماجستير علوم في التنمية المستدامة من كلية لندن الجامعية في المملكة المتحدة (2010)، وبكالوريوس علوم في الأحياء البحرية من جامعة غريفيث بأستراليا (2007).
وقد بدأ الشيخ خليفة آل خليفة مسيرته المهنية سنة 2008 في إدارة التقويم والتخطيط البيئي بالهيئة العامة لحماية الثروة البحرية والبيئة والحياة الفطرية، ثم التحق للعمل بوزارة الثقافة العام 2011 مع فريق مشروع "اللؤلؤ: شاهد على اقتصاد جزيرة"، وذلك لمتابعة عملية إدارة وصون المكون البحري للموقع. كما عُيّن كنقطة الاتصال الوطنية لاتفاقية التراث العالمي، ليشغل بعدها منصب المدير المساعد بالمركز الاقليمي العربي للتراث العالمي العام 2013 حيث باشر الإعداد والإشراف على برامج وأنشطة المركز حتى العام 2016، قبل أن ينتقل إلى العمل مديراً لإدارة المتاحف بهيئة البحرين للثقافة والآثار في نفس السنة.
عُيّن سعادة الشيخ خليفة بن أحمد بن عبد الله آل خليفة رئيسًا للبعثة الدبلوماسية لمملكة البحرين لدى الجمهورية الفرنسية، بلقب سفير فوق العادة مفوض ومندوب دائم لمملكة البحرين لدى اليونسكو بحسب المرسوم رقم (83) لسنة 2021 قبل توليه لمهام رئيس هيئة البحرين للثقافة والآثار وفق القرار الملكي رقم (38) الصادر في 21 يوليو 2022